Microscopi dissenyat per a mostrar el que s'ha tenyit amb tints fluorescents. Similar al microscopi òptic convencional, però la llum d'il·luminació passa a través d'un conjunt de filtres abans d'arribar a la mostra, per a triar aquelles longituds d'ona que exciten el colorant. També hi ha un altre conjunt de filtres abans que arribe a l'ull, per a seleccionar només aquelles longituds d'ona emeses quan el colorant emet fluorescència.